Bundesverwaltungsbehörden, die nach einem anderen Bundesgesetz private Personen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung beaufsichtigen, laden den EDÖB zur Stellungnahme ein, bevor sie eine Verfügung erlassen, die Fragen des Datenschutzes betrifft. Führt der EDÖB gegen die gleiche Partei eine eigene Untersuchung durch, so koordinieren die beiden Behörden ihre Verfahren.
Das Untersuchungsverfahren sowie Verfügungen nach den Artikeln 50 und 51 richten sich nach dem VwVG20. Partei ist nur das Bundesorgan oder die private Person, gegen das oder die eine Untersuchung eröffnet wurde. Der EDÖB kann Beschwerdeentscheide des Bundesverwaltungsgerichts anfechten.
Liegt eine Verletzung von Datenschutzvorschriften vor, so kann der EDÖB verfügen, dass die Bearbeitung ganz oder teilweise angepasst, unterbrochen oder abgebrochen wird und die Personendaten ganz oder teilweise gelöscht oder vernichtet werden. Er kann die Bekanntgabe ins Ausland aufschieben oder untersagen, wenn sie gegen die Voraussetzungen nach Artikel 16 oder 17 oder gegen Bestimmungen betreffend
Kommt das Bundesorgan oder die private Person den Mitwirkungspflichten nicht nach, so kann der EDÖB im Rahmen der Untersuchung insbesondere Folgendes anordnen: a. Zugang zu allen Auskünften, Unterlagen, Verzeichnissen der Bearbeitungstätigkeiten und Personendaten, die für die Untersuchung erforderlich sind; b. Zugang zu Räumlichkeiten und Anlagen; c. Zeugeneinvernahmen; d. Begutachtungen durch Sachverständige. Das Berufsgeheimnis bleibt vorbehalten.
Der EDÖB eröffnet von Amtes wegen oder auf Anzeige hin eine Untersuchung gegen ein Bundesorgan oder eine private Person, wenn genügend Anzeichen bestehen, dass eine Datenbearbeitung gegen die Datenschutzvorschriften verstossen könnte. Er kann von der Eröffnung einer Untersuchung absehen, wenn die Verletzung der Datenschutzvorschriften von geringfügiger Bedeutung ist. Das Bundesorgan oder die private Person erteilt